La Chiesa Inferiore è stata realizzata tra il 1244 ed il 1276, per volontà dell’abate Enrico, che portò avanti una profonda opera di ristrutturazione del Sacro Speco, modificandone completamente l’aspetto. Alla Chiesa Inferiore si accede dal transetto della Chiesa Superiore attraverso una scala.
La Chiesa Inferiore si presenta con un ampio spazio diviso in tre vani, uno rettangolare e due quadrati, coperti da volte a crociera. Gli affreschi, che adornano le campate della chiesa, sono stati realizzati da Conxolus, artista di origine romana che si ispirò alla vita di San Benedetto. Possiamo ammirare l’incontro con San Romano, il ritiro nella grotta, un dipinto raffigurante Papa Innocenzo III che regge un cartello con la bolla dove venivano assegnate le rendite al Monastero di San Benedetto. In questa zona si trova anche la Scala Santa usata da Benedetto per raggiungere la grotta, ed il roseto dove, per sfuggire alla tentazione del diavolo, il Santo si rotolò nelle spine.
Qui si trova anche il famoso ritratto di San Francesco raffigurato senza aureola, cosa che conferma l'esecuzione degli affreschi in una data precedente il 1228, data della sua santificazione.